Kronike govore da se već 1342. godine započinje graditi prva crkva sv. Vlaha kao stolna crkva na mjestu sadašnje.
Kako je Ston postao biskupsko središte ova crkva postaje katedrala. Stradala je u velikom potresu 1667. godine.
Odlukom dubrovačkog Senata nakon potresa pristupilo se odmah gradnji nove katedrale na mjestu porušene.
Ponovni potres iz god.1850. porušio je i ovo zdanje te se 1870. godine sagradila na približno istom mjestu današnja crkva sv. Vlaha
koja je izvedena u pseudo - bizantskom stilu.
1996. godine stradala je u razornom potresu te se niz godina obnavljala ,a za misno slavlje otvorena je od 3.2.2017.godine
