Mali Ston est situé sur la côte nord-est de l’isthme de Ston, dans une petite baie du détroit de Mali Ston, sur les pentes de la colline Bartolomije (point de vue, 224 m). Le village a été fondé au 14e siècle par les habitants de Dubrovnik qui ont construit les murailles rectangulaires autour de village de la côté terrestre et de la côté de la mer.