Mali Ston se smjestio na sjeveroistočnoj obali stonske prevlake u maloj razvedenoj uvali Malostonskog kanala,
na padinama Bartolomije (vidikovac, 224 m). Naselje su u 14. stoljeću osnovali Dubrovčani, koji su sagradili zidine pravokutnog oblika oko naselja s kopnene i s morske strane.